9 Naruto: Orkanskildringen, även känd som Naruto: Shippūden, utspelar sig två och ett halvt år efter att Naruto lämnat byn för att träna tillsammans med Jiraiya. När han återvänder får Naruto reda på att alla hans vänner har nått en högre rank och att han har hamnat efter. Med bara sex månader kvar att rädda Sasuke så stöter Naruto på ännu farligare fiender. Med tiden får man reda på mer om Akatsukis planer, och samtidigt börjar Naruto känna att han förlorar kraften över demonräven inom sig.